Sekolah Tinggi Theologi Erikson-Tritt Manokwari sebagai lembaga pendidikan teologi memiliki struktur yang jelas sesuai dengan pembagian kerja dan tanggung jawab baik sebagai pimpinan, Dosen dan karyawan yang berada dalam lembaga STT Erikson-Tritt. Unsur pimpinan di STT Erikson-Tritt manokwari Ketua Sekolah dan dibantu oleh Pembantu Ketua I, II, III, IV. STT Erikson-Tritt manokwari telah membuka empat Program Studi yaitu, Prodi S1 Teologi/Kependetaan (S.Th) dan Prodi S1 Pendidikan Agama Kristen S.Pd). Juga Prodi S2 Magister Kepemimpinan Kristen (M.Ag) dan Prodi Magister Pendidikan Agama Kristen (M.Pd).

Keempat Prodi baik S1 dan S2 sudah di akreditasi oleh BAN-PT:

1.      Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 1122/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2015 tentang nilai dan peringkat AKREDITASI program studi pada program sarjana S1 Teologi/Kependetaan.

2.      Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 1744/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2016 tentang nilai dan peringkat AKREDITASI program studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen STT Erikson-Tritt.

3.      Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 4350/SK/BAN-PT/Akred/M/XI/2017 tentang status AKREDITASI dan peringkat terakreditasi program studi Kepemimpinan Kristen pada Program Magister Sekolah Tinggi Teologi Erikson-Tritt Manokwari.

4.      Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 356/SK/BAN-PT/Akred/M/I/2018 tentang status AKREDITASI dan peringkat terakreditasi Program studi Pendidikan Agama Kristen pada Program Magister Sekolah Tinggi Teologi Erikson-Tritt Manokwari.

Dengan mendapatkan Akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), maka mahasiswa baik S1 dan S2 tidak perlu takut untuk menggunakan gelar akademik baik dalam gereja maupun dalam Pemerintahan.

Keempat Prodi di STT Erikson-Tritt dikelola oleh para dosen yang memiliki kualifikasi Pendidikan S2 dan S3 yang mumpuni dalam bidangnya. Dari segi sarana dan prasarana STT Erikson-Tritt manokwari memiliki sarana dan prasarana yang sangat Representatif  yaitu:

1.      Satu ruang kerja Ketua Sekolah dan Sekretaris Institusi

2.      Empat ruang kerja unsur pimpinan yakni Pembantu Ketua:

a.       1 ruang kerja Pembantu Ketua I Bidang Akademik

b.      1 ruang kerja Pembantu Ketua II Bidang Keuangan

c.       1 ruang kerja Pembantu Ketua III Bidang Kemahasiswaan

d.      1 ruang kerja Pembantu Ketua IV Bidang Pelayanan

3.      Empat Ruang Kerja Ketua Program Studi S1 dan S2:

a.       1 ruang kerja Ketua Program Studi S1 Teologi (S.Th)

b.      1 ruang kerja Ketua Program Studi S1 Pendidikan Agama Kristen (S.Pd)

c.       1 ruang kerja Ketua Program Studi S2 Magister Kepemimpinan Kristen (M.Ag)

d.      1 ruang kerja Ketua Program Studi S2 Magister Pendidikan Agama Kristen (M.Pd)

4.      Dua Ruang Kerja Kepala Unit Pelaksana Teknis (UPT) :

a.       1 ruang kerja Kepala UPT Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI)

b.      1 ruang kerja Kepala UPT Admisi, Promosi dan Percetakan

5.      1 ruang kerja Kepala Administrasi Umum (ADUM)

6.      1 ruang kerja Kepala Akademik (ADAK)

7.      1 ruang kerja Bendahara

8.      1 ruang kerja pangkalan Data Pendidikan Tinggi (PD DIKTI)

9.      9 ruang kerja para dosen

10.  1 ruang kerja bagi staf SPMI

11.  1 ruang dapur

12.  1 ruang Rapat

13.  1 ruang serba guna yang dipakai untuk persekutuan doa, rapat dosen dan pertemuan dosen

14.   1 ruang gudang

15.   1 ruang kopreasi sekolah

16.   1 ruang Lab Komputer

17.   2 tingkat ruang kelas

18.   2 tingkat Asrama Putra

19.   2 tingkat asrama Putri

20.   1 rusunawa

21.   Perumahan mahasiswa keluarga

22.  Perumahan Dosen dan Karyawan

23.   Lapangan sepakbola

24.  Lapangan bola volli

25.   2 Tingkat ruang perpustakaan.